Наверное год боролся с такой же проблемой и ПОБЕДИЛ. Звук напоминал на мелких кочках пластмассовую бутылку брякающую очень периодически по большой плоскости . Действительно стучала верхняя рамка двери, причем звук казалось идет откуда-то снизу - стойки, пластмассовая защита патрубка бензобака, задняя полка, багажник - все прошел, при этом этот звук не удается повторить на стоящей машине, сколько не стучи по двери.
Метод решения - в районе верхней рамки двери в уплотнитель в середину резинки вставляем оконный уплотнитель и наступает счастье.
Спасибо этому сайту, именно какой-то добрый человек подсказал где искать, хотя его сообщение прошло для большинства не замеченным.